La Cross Academie, préstigieux internat, a la particularité d'être divisée en deux groupes: La day class et la Night class. Les élèves de la Night class sont tous de beaux et brillants élèves. Mais derrière cette apparence trompeuse se cachent en réalité des vampires. Yûki et Zero sont les deux gardiens de l'académie qui ont pour mission de veiller à une cohabitation pacifique entre les deux groupes et protéger le secret de night class.

Yûki Kurosu, fille adoptive du directeur, a un caractère enjoué et est d'un naturel positif et gentil. Elle a foi en un monde où les humains et les vampires cohabiteraient en paix.

Zero Kiryu, vivant sous le même toit que la jeune fille, est le dernier descendant d'une lignée de chasseur de vampires et n'a aucune confiance en ces créatures. Il leur voue une haine féroce et ne pense qu'à les exterminer. Sous cette apparence de garçon froid et colérique, il cache cependant une profonde blessure. En effet, toute sa famille a été tuée par un vampire plus précisément un pure blood. C'est pourquoi il ne se réjouit pas du respect et de l'admiration que voue Yûki au leader de la Night class, Kaname Kuran. Celui-ci est, en réalité, la personne qui sauvé Yûki des crocs d'un vampire lorsque elle avait 5 ans. La jeune fille n'a aucun souvenir de son passé avant cet évenement.